Su Kaynakları Şube Müdürlüğü; Ülkemizin yeraltı ve yerüstü su kaynakları potansiyelinin korunması ve en iyi bir biçimde kullanımının sağlanması için, su kirlenmesinin önlenmesini sürdürülebilir kalkınma hedefleriyle uyumlu bir şekilde gerçekleştirmek üzere gerekli olan hukuki ve teknik esasları  belirlemekle yükümlüdür.

Su ortamlarının kalite sınıflandırmaları ve kullanım amaçlarını, su kalitesinin korunmasına ilişkin planlama  esasları ve yasaklarını, atıksuların boşaltım ilkelerini ve boşaltım izni esaslarını, atıksu altyapı tesisleri ile ilgili esasları ve su kirliliğinin önlenmesi amacıyla yapılacak  izleme ve denetleme usul ve esaslarını da yönetir.

Su Kaynakları Şube Müdürlüğü; Ülkemizin yeraltı ve yerüstü su kaynakları potansiyelinin korunması ve en iyi bir biçimde kullanımının sağlanması için, su kirlenmesinin önlenmesini sürdürülebilir kalkınma hedefleriyle uyumlu bir şekilde gerçekleştirmek üzere gerekli olan hukuki ve teknik esasları  belirlemekle yükümlüdür.

Su ortamlarının kalite sınıflandırmaları ve kullanım amaçlarını, su kalitesinin korunmasına ilişkin planlama  esasları ve yasaklarını, atıksuların boşaltım ilkelerini ve boşaltım izni esaslarını, atıksu altyapı tesisleri ile ilgili esasları ve su kirliliğinin önlenmesi amacıyla yapılacak  izleme ve denetleme usul ve esaslarını da yönetir.

Arıtma Teknolojileri Şube Müdürlüğü; Çevrenin korunması, yerüstü ve yeraltı sularının kirlenmesinin önlenmesi, deniz ve toprak kirliliğinin önlenmesi amacıyla uygun teknolojileri belirlemek ve bu maksatla kurulacak tesislerin vasıflarını saptamak, bu çerçevede gerekli tedbirleri almak ve aldırmak, Arıtma sistemlerinin projelerini onaylamakla sorumludur.

Toprak Şube Müdürlüğü; Toprağın korunması, kirliliğin önlenmesi veya bertaraf edilmesi amacıyla; hedef ve ilkeleri, kirletici unsurları belirlemek, kirliliğin giderilmesi ve kontrolüne ilişkin usul ve esasları tespit etmek, uygulanmasını sağlamak, Atık ve kimyasallarla kirlenmiş toprakların mevcut kirlilik durumlarının tespiti, çevre ve insan sağlığına olabilecek risklere ve kirlenmiş toprakların iyileştirilmesine ilişkin çalışmaları yapmak ve yaptırmakla sorumludur.